図面 (間取り) をチェックしてほしいです。

すでにハウスメーカーとご契約なさって、契約している建築士と
やり取りを行っているのですから、その建築士に相談するのが筋です。
我々建築家、設計事務所を営む者は、ご質問の内容で生計を立てています。
安易に間取りについてアドバイスすることは高額の設計料を支払って
設計監理の依頼を出されたクライアントを裏切ることになります。

折角フォローしていただいたので僕が感じた雑感ではありますが、
申し上げますと「階段」がダメです。
もちろん玄関から入って現時点ではキッチンに向かってアプローチしていますが、
こんなもの論外ですね。
ホール向かって正面からリビングに入る計画にしなければだめです。
現在の出入りはサブだと捉えてください。
階段を直せば自然と2階の主寝室もまともになります。

子供部屋を将来仕切るとか、そもそも子供部屋を作るとかは、それぞれの
ご家庭の考えがあります。
設備については、余裕があるなら大人数に対応できるに越したことはありません。
理想は複数個所です。しかし管理も大変になることを覚えておきましょう。

小言光衛のようになりますが、設計は設計屋がやるのが一番良いです。

URBAN GEAR 本多

回答いたします。
率直な意見を述べさせていただきます。
Q:ホールからキッチンに入ると、目線の正面にキッチンの壁がくる点

A:玄関からリビングに行く際に最初に冷蔵庫？が見える。これはありえません。扉かスクリーンのようなもので隠す方が良いように思います。お客様が来られないのであれば問題はありませんが。
Q:キッチンとダイニングテーブルをつなげたくないため離して配置したいのですが、スペース的に問題がないか不安です
A:現在ダイニングテーブルはキッチンと連続してつながっているように見えます。根本的に変える必要があるということでしょうか。その場合はリビングを含めて全く異なるプランにする必要があると思います。

■2階
Q:南東の部屋の収納が狭い？
　⇒ 洗面所や他のエリアを広くするため、この広さになっています
A:図面上を北と仮定します。右下の個室のことでしょうか。狭いですが、トイレをやめる（水回りをいじめてそちら側に移動する）か。部屋自体を狭めて収納広さを確保するかの選択になると思います。学習机とベットだけであればスペースはあるように思います。
Q:娘が2人いるため、小さいうちは南東の部屋と中央の部屋をつなげて広い空間として使い、将来的に壁を設けて2部屋に分ける予定です。それはやめて最初から壁を設けたほうがよいでしょうか？

A:人それぞれの考え方によると思います。１室で２人でうまく使っている子供部屋もあります。カーテンで仕切る程度で問題がない場合もあります。将来その時に子供達の意見を取り入れたら良いのではないでしょうか。
Q:寝室に入った際、収納の出っ張りが気にならないか？

A:気になります。私の場合はこのような部分はできるだけ避けてプランニングいたします。
Q:寝室のバルコニーは必要でしょうか？
　時々部屋から外に出られるように、また玄関の軒の役割も兼ねるかと思い設けましたが、必要か迷っています。
A:これもお考え方次第と思います。天気が良い中間期などサッと外に室内と同じ床の高さで段差なく出られるバルコニーは気持ちがいいものです。また、景色にもよります。隣家が近い場合は気になるかもしれません。
Q:寝室のバルコニーと窓の中心が合っていません。理由は、外観上その窓と玄関ドアの中心を合わせているためです。問題ないでしょうか？

A:私の場合であれば先の景色を含めた気持ちよさがあるのであれば、窓はフルハイトで大きくしたりすることを提案する場合があります。テラスの出も簡単な椅子やテーブルが置けるようにもう少し広くするかもしれません。そのような魅力が感じられないようでしたら、方位も北ですし取りやめてはいかがでしょうか。
Q:洗面所はダブルボウルにするか、シングルボウルにするかで悩んでいます
A:ダブルはホテルのようで豪華ですが、通常はシングルで事足ります。時間がかかる要因（メイクやその他準備など個人的な）があるのであればライフスタイルに合わせることが
良いと思います。

以上ご参考まで。

1階にLDKを設定されたのは、ご希望されたのですか？南側に庭があるのでしょうか？建物の周囲が表示されていないので、内部と外部の関係が理解できません。これはハウスメーカーの図面の悪いところです。家というのは外部との関係が大事なのに、それを描かないのですから、住宅の設計としてちょっとあり得ないことです。

LDKと2階の水廻りが離れていることは、毎日の生活にかなりのストレスとなります。それを承知でこのプランを選択されているのでしょうか？1階に水廻りを設定する敷地の余裕はないのでしょうか？ないのであれば個室を1階に配置して、2階にLDKと水廻りを設定するプランも考えたほうが良いと思います。

それと木造だと思いますが、建物中央部に柱が少なく、上下階の壁も通っていないので、構造的に無理をしていると思います。恐らく営業の担当者は、そんなこと考えていないかも知れません。

家づくりのためにハウスメーカーを選択されたのですから仕方がないことなのですが、クライアントとして心配なさるのは無理もないことだと思います。