こんにちは。大阪の設計事務所 住まい工房LIVE！です。
間取りの改善アドバイスで多い一つが、玄関廻りです。
先の回答者のおっしゃるように、間取り図が無いため
想定でのコメントです。
段差が出来る境界として、以下３つ有ります。
①アプローチやインナーテラス？から玄関ポーチに上がる部分
②玄関ポーチ（玄関ドア前のところ）から玄関ドアを開けて宅内に入る部分
③宅内の玄関部分＝三和土（タタキ）や土間部分から、
室内に上がる部分（ここにあるのが玄関框）
①については、アプローチやインナーテラス部分の床面を予め上げる、
又は、スロープにすることで玄関ポーチに上がる段差高さを小さくできます。
②玄関ドアの下部の段差は、ある程度設ける場合と、
下枠のみの１センチほどの場合が有り、
私は通常後者で設計します。
段差を少なくするために①の段差高さが大きくなったり、
ポーチ施工の費用（ｺﾝｸﾘｰﾄ量）が若干掛かったりします
③は、マンションで多い２、３㎝にする場合もありますが
車イスでそのまま室内移動、以外は、ある程度段差が有ったほうが
三和土の砂汚れなどが室内側に上がってきません。
また、腰掛けての脱ぎ履きにも段差があるメリットもあります。
今回は、どこの段差を無くしたいのか、イマイチ不明ですが、
ご希望を設計者や工務店？にお伝えして、
対応を考えてもらってはどうでしょうか？
ベビーカーや荷物カートをそのまま三和土まで段差無しで出入したい場合、
三和土までお子様や荷物を入れて、その三和土や玄関ホールで着脱するには
三和土部分にもそれなりのスペースが必要です。
（ベビーカーの後ろと横にもスペースが必要）
お子様や荷物は、インナーテラスや玄関ポーチで着脱できるスペースがあれば、
玄関入る時には、ベビーカーを持ちあげて出入りできます。
又、玄関引戸にして、出入りをよりスムーズにしておけば、
段差があってもドアの開閉に邪魔されずに対応できます。
また、ドア前のポーチ部分スペースが小さい場合も、引戸にすると
出入り動作がスムーズです。
ベビーカーは数年の話でもありますし、どうしても段差が気になる場合は
一時的な段差解消スロープみたいなプラスチック製品で対処することも致し方ありません。
ただ、長い目で見た場合は段差が少ない事に越したことはない、
もしくは階段部分を設けつつも、フラットなスペースを十分確保することで
日々のあれこれに対応できるのではないでしょうか。
長期優良住宅で、基礎高さを上げるのは、
多分、給排水の維持管理の面からと思われます。
一般的な（公庫仕様など）基礎高さでも対応できるのですが、
プランにもよるかも知れませんし、メンテナンス方針など工務店によっては
拘るところなのかも知れません。
基礎を高くするとコンクリート量が増え、コストに影響する場合もあります。
（それらも含めて、長期優良住宅は・・・という話もあります）
これ以上コストアップにならないように、今回は他の部分（ポーチ等）は高さのかさ上げをしない
＝ 段差が必要以上に出来ているのではないでしょうか？
設計側とよく話し合い、ご希望を伝えつつ、折り合いどころを見つけてください。
よい住まいになりますように。
