着工後の間取り変更

詳細見えませんが、やって出来ない事はないです。
どうしても変更する場合、とりあえずいち早く工事を止める方が良いです。進めば進むほど直し工事が増えます。お話によると壁など間取りも少し変わります？
構造壁の場合は、構造チェック(計算)の上で計画変更の申請が必要となります。要はスケジュールと費用の問題です。工事中にこのような迷いが生じている以上、この先、後悔を残して住み続ける事と費用を比べてる他ありません。
よくご検討ください。
ちなみにハウスメーカーでは売上のためにスケジュールを急かされ、結果として設計に十分納得して進まない事がこのような事態を生むことが散見されます。